V roce 2010 dokončil “master studies” v oboru jazzové kompozice a aranžování na University of Massachusetts – USA, na které získal plné stipendium Studoval zde pod vedením nositele ceny Grammy Jefrey Holmse a současně vyučoval obligátní jazzový klavír. V roce 2007 získal roční stipendium norské vlády ke studiu jazzového klavíru na University of Stavanger – Norway. V roce 2007 získal titul PhD. v oboru hudební teorie. V letech 2002–2010 působil jako odborný asistent na katedře hudební výchovy (posléze KVU) na Univerzitě J.E.Purkyně v Ústí nad Labem, kde mnoho let vedl univerzitní orchestr, pro nějž psal veškerá aranžmá. Za posledních 10 let byl členem mnoha hudebních ansámblů. Spolupracoval například s Feng – Yün Song, se kterou se zúčastnil koncertního turné po Číně, kde Trio PUO a Feng – Yün Song získaly hlavní cenu na mezinárodním hudebním festivalu Chang – Sha/CHINA. Během své hudební dráhy spolupracoval v Čechách s různými hudebníky jako jsou Marcel Bárta, David Dorůžka, Ridina Ahmedová, Feng Jung Song, Gabriela Vermelho, Tomáš Hobzek, Petr Tichý, Luboš Soukup, Petr Dvorský, Tomáš Herian, Martin Novák, Martin Zbrožek. V USA potom s hudebníky – Aubrey Johnson, Carl Clemens, Paul Lieberman, Bob Weiner. Po dokončení studia kompozice úzce spolupracoval s americkým repliky hodinek filmovým skladatelem a producentem Alexandrem Jankem (Moje Tlustá Řecká Svatba, Man on the Moon). Během svého pobytu v New Yorku se stal soukromým žákem jednoho z nejlepších světových jazzových pianistů Freda Hersche. Se svými hudebními projekty koncertoval v Německu, Norsku, Dánsku, Velké Británii, USA nebo Číně.

Skladby Marka Novotného se pohybují na hranici hudby vážné a jazzové. Bez povšimnutí nenechává taktéž hudbu folklorní, která je mu velkou inspirací. Ve svých skladbách a aranžmá se neomezuje pouze na klasická jazzová komba. V repertoáru má mnoho vlastních kompozic zaranžovaných pro jazzový bigba