V roce 2010 dokončil “master studies” v oboru jazzové kompozice a aranžování na University of Massachusetts – USA, na které získal plné stipendium Studoval zde pod vedením nositele ceny Grammy Jefrey Holmse a současně vyučoval obligátní jazzový klavír. V roce 2007 získal roční stipendium norské vlády ke studiu jazzového klavíru na University of Stavanger – Norway. V roce 2007 získal titul PhD. v oboru hudební teorie. V letech 2002–2010 působil jako odborný asistent na katedře hudební výchovy (posléze KVU) na Univerzitě J.E.Purkyně v Ústí nad Labem, kde mnoho let vedl univerzitní orchestr, pro nějž psal veškerá aranžmá. Za posledních 10 let byl členem mnoha hudebních ansámblů. Spolupracoval například s Feng – Yün Song, se kterou se zúčastnil koncertního turné po Číně, kde Trio PUO a Feng – Yün Song získaly hlavní cenu na mezinárodním hudebním festivalu Chang – Sha/CHINA. Během své hudební dráhy spolupracoval v Čechách s různými hudebníky jako jsou Marcel Bárta, David Dorůžka, Ridina Ahmedová, Feng Jung Song, Gabriela Vermelho, Tomáš Hobzek, Petr Tichý, Luboš Soukup, Petr Dvorský, Tomáš Herian, Martin Novák, Martin Zbrožek. V USA potom s hudebníky – Aubrey Johnson, Carl Clemens, Paul Lieberman, Bob Weiner. Po dokončení studia kompozice úzce spolupracoval s americkým filmovým skladatelem a producentem Alexandrem Jankem (Moje Tlustá Řecká Svatba, Man on the Moon). Během svého pobytu v New Yorku se stal soukromým žákem jednoho z nejlepších světových jazzových pianistů Freda Hersche. Se svými hudebními projekty koncertoval v Německu, Norsku, Dánsku, Velké Británii, USA nebo Číně.

Skladby Marka Novotného se pohybují na hranici hudby vážné a jazzové. Bez povšimnutí nenechává taktéž hudbu folklorní, která je mu velkou inspirací. Ve svých skladbách a aranžmá se neomezuje pouze na klasická jazzová komba. V repertoáru má mnoho vlastních kompozic zaranžovaných pro jazzový bigband, vokální ansámbl, smyčcový kvartet, ale i ryze “klasický” symfonický orchestr, pro nějž napsal pětivětou “Summer suite”, jejíž premiéra zazněla jako součást jeho “master’s recital” na University of Massachusetts.

Po svém návratu ze Spojených států sestavil jazzový kvintet interpretující výhradně jeho původní tvorbu na pomezí jazzu a vážné hudby, která je převážně koncipována jako rozsáhlejší písňová kompozice. Ke spolupráci na tomto projektu si přizval přední hráče české jazzové scény, jako jsou David Dorůžka (guitar), Marcel Bárta (saxofon, klarinet, bass klarinet), Petr Tichý (double bass), Tomáš Hobzek (drums).